Система TIR имеет явные преимущества для таможенных органов, поскольку она сокращает число обычных требований, предусмотренных процедурами национального транзита. В то же время она позволяет избежать больших затрат времени и средств при физическом досмотре в странах транзита помимо осмотра печатей и пломб и внешнего состояния транспортных средств и контейнеров. Она также позволяет избежать применения национальных гарантий и оформления национальных документов.
Кроме того, ее преимущество вытекает из того факта, что операции международного транзита обеспечиваются лишь одним транзитным документом – карнетом TIR, что ограничивает возможность предоставления неточной информации таможенным органам. Устраняя отчасти традиционно существующие препятствия на пути международных грузовых перевозок, система TIR содействует развитию международной торговли. Грузы могут пересекать национальные границы с минимальным вмешательством таможенных органов, что позволяет увеличить скорость доставки и значительно сократить транспортные расходы.